Havstrategierne skal samordnes mellem de lande, som deler havområder med hinanden. Havstrategidirektivet pålægger derudover, at medlemslandene i videst muligt omfang anvender de vurderinger og målsætninger, der allerede er foretaget og aftalt inden for de regionale havkonventioner. På grund af Danmarks særlige placering i passagen mellem Østersøen og Nordsøen er de danske havområder omfattet af to regionalle havkonventioner, HELCOM (havkonvention for Østersøen; www.helcom.fi) og OSPAR (havkonvention for det nordøstlige Atlanterhav; www.ospar.org), og der koordineres regionalt igennem disse organer. De to konventioner overlapper for Danmarks vedkommende i Kattegat. Endvidere koordineres der regionalt igennem ICES (Det Internationale Havundersøgelsesråd; www.ices.dk), bl.a. i forbindelse med EU's fælles fiskeripolitik [10] om overvågning og bestandsvurderinger af fisk, samt ved Danmarks deltagelse i Det Trilaterale Vadehavssamarbejde (Link), hvor overvågningen af Vadehavet koordineres mellem Danmark, Holland og Tyskland. Havstrategiens overvågningsaktiviteter og metodiske standarder samordnes og koordineres på regionalt niveau igennem ovennævnte fora, i det omfang det er praktisk muligt. Det indebærer bl.a., at hvis der foreligger en godkendt tærskelværdi, indikator eller overvågningsguideline, fastsat i HELCOM, OSPAR eller ICES, anvendes disse under overvågningsprogrammets tilrettelæggelse, således at de indsamlede data er standardiseret og muliggør en vurdering af miljøtilstanden. Overvågningsprogrammet bidrager endvidere med data til disse fora, som benyttes i arbejdet med fastsættelse og videreudvikling af nye indikatorer, tærskelværdier og overvågningsguidelines. Der er indtil videre ikke udviklet indikatorer for alle miljømål, ligesom godkendte tærskelværdier kun foreligger for enkelte af havstrategiens kriterier.