Aναγνώριση και οριοθέτηση των κατάλληλων τόπων για αναπαραγωγή, διαχείμαση, ή στάση κατά μήκος των μεταναστευτικών διαδρόμων γίνεται με βάση την ακτίνα τροφοληψίας κάθε είδους θαλασσοπουλιού που φωλιάζει στις παράκτιες και νησιωτικές ΖΕΠ. Από το δίκτυο Natura 2000 χρησιμοποιήθηκαν περιοχές ΖΕΠ με αποικίες δυο ειδών θαλασσοπουλιών του Παραρτήματος Ι της Οδηγίας για τα Πουλιά, που αναπαράγονται σε σημαντικούς αριθμούς στην Ελλάδα, συγκεκριμένα για τον Θαλασσοκόρακα και τον Αιγαιόγλαρο. Στόχος η «ευνοϊκή κατάσταση διατήρησης» για τα θαλασσοπούλια ώστε να υπάρξουν οι προϋποθέσεις της επίτευξης ΚΠΚ εντός του επομένου κύκλου εφαρμογής της ΟΠΘΣ.