Η αξιολόγηση των πληθυσμών ιχθύων εστιάζει σε προστατευόμενα, ευάλωτα και απειλούμενα είδη (ΠΕΑΕ) χονδριχθύων που προήλθαν από τη Δράση Συλλογής Βιολογικών και Αλιευτικών δεδομένων επί σκαφών Επαγγελματικής Αλιείας του Ελληνικού Προγράμματος Συλλογής Αλιευτικών Δεδομένων (ΕΠΣΑΔ), μέσω καταγραφής από παρατηρητές που επιβιβάστηκαν τυχαία σε διαθέσιμα σκάφη την περίοδο 2018-2023. Οι παρατηρητές κατέγραφαν είδη, αριθμό ατόμων και βάρος αλιευμάτων. Τα είδη αυτά επελέγησαν με βάση την υπάρχουσα λίστα αναφοράς για τη Μεσόγειο σε συνδυασμό με τα αποτελέσματα της πιλοτικής μελέτης ΕΠΣΑΔ.

Η μελέτη της μεσογειακής φώκιας εστίασε στην κατανομή και στην κατάσταση του πληθυσμού. Αξιολογήθηκαν 5 κριτήρια: θνησιμότητα από παρεμπίπτουσα αλίευση (D1C1), αφθονία (D1C2), δημογραφικά χαρακτηριστικά (D1C3), εύρος κατανομής (D1C4), οικότοπος (D1C5). Παρατηρήθηκε ευρεία κατανομή των περιοχών αναπαραγωγής και αύξηση της αφθονίας σε περιοχές όπως η Κεφαλονιά. Η θνησιμότητα από αλιεία ήταν εντός αποδεκτών ορίων. Υπήρξαν θετικά σημάδια ανάκαμψης του πληθυσμού. Το εύρος κατανομής καλύπτει το σύνολο της ελληνικής ακτογραμμής. Σημαντική απειλή από την πίεση λόγω τουρισμού στο Ιόνιο.

Η μελέτη των θαλασσοπουλιών είχε 5 είδη στόχους: Αιγαιόγλαρος (Larus audouinii), Θαλασσοκόρακας (Phalacrocorax aristotelis desmarestii), Αρτέμης (Calonectris diomedea), Μύχος(Puffinus yelkouan), Υδροβάτης (Hydrobates pelagicus melitensis). Εξετάστηκαν 3 κριτήρια:αφθονία (D1C2), δημογραφικά χαρακτηριστικά (D1C3), εύρος κατανομής (D1C4). Γενικά, οι απειλές που αντιμετωπίζουν τα θαλασσοπούλια προέρχονται από: υπεραλίευση (μειωμένη διαθεσιμότητα τροφής), κλιματική αλλαγή, ρύπανση, φωτορύπανση, ηχητική όχληση τουρισμό που προκαλεί υποβάθμιση των ενδιαιτημάτων αναπαραγωγής και τροφοληψίας, εισβλητικά είδη, θήρευση από αρουραίους, ανταγωνισμός για κατάλληλες θέσεις φωλιάσματος στις ακατοίκητες νησίδες και για την τροφοληψία τυχαία παγίδευση σε αλιευτικά εργαλεία και γρίπη των πτηνών.

Εξετάστηκαν 3 κριτήρια: αφθονία (D1C2), δημογραφικά χαρακτηριστικά (D1C3), εύρος κατανομής (D1C4). Η κατάσταση των θαλάσσιων χελωνών στις περιοχές μελέτης ήταν ικανοποιητική με σημαντική αύξηση φωλιών. Ο Αμβρακικός Κόλπος αποτελεί σημαντικό πεδίο διατροφής και διαχείμασης για χελώνες που προέρχονται κυρίως από πληθυσμούς Caretta caretta της Ζακύνθου, του Κυπαρισσιακού Κόλπου, της Κεφαλονιάς και του Ρεθύμνου, αλλά και από πληθυσμούς εκτός Ελλάδας. Από τα περιστατικά εκθαλασσώσεων διαπιστώθηκε ότι θαλάσσιες χελώνες απαντώνται σε όλη την ελληνική επικράτεια καθ’ολη τη διάρκεια του έτους. Κύρια απειλή η τυχαία σύλληψη σε αλιευτικά εργαλεία. Απαιτείται αναθεώρηση υπολογισμών αφθονίας. Τα ανωτέρω αξιολογούν την ΚΠΚ για τη θαλάσσια χελώνα.

Το θαλάσσιο περιβάλλον των ελληνικών θαλασσών βρίσκεται σε ΚΠΚ αναφορικά με τα είδη κητωδών που εξετάζονται όταν αυτά παρουσιάζουν τα εξής χαρακτηριστικά: α) εξακολουθούν να απαντούν σε όλο το φυσικό τους ενδιαίτημα, β) οι πληθυσμοί τους βρίσκονται σε επίπεδα αφθονίας και πυκνότητας, τα οποία διασφαλίζουν τη μακροπρόθεσμη παρουσία των ειδών και τη διατήρηση της πλήρους αναπαραγωγικής τους ικανότητας και τους επιτρέπουν να διατηρήσουν ή να επιτύχουν επιθυμητή κατάσταση διατήρησης. Η ανάλυση/αξιολόγηση βασίζεται σε δεδομένα που αφορούν κυρίως στην αφθονία, δημογραφικά χαρακτηριστικά και κατανομή των κητωδών, με εφαρμογή των κριτηρίων D1C2, D1C3, D1C4 της MSFD (D1C5 για την φώκαινα).