Sistemingas nuolatinis jūrinių žinduolių monitoringas (ruonių, jūros kiaulių) Lietuvos jūrinėje teritorijoje nevykdomas, nes nėra nuolatinių ruonių gulyklų vietų, o jūros kiaulės Lietuvos jūriniuose vandenyje pasirodo retai. Tačiau duomenys apie jūros žinduolius yra renkami, jie fragmentiniai, susiję su žinduolių pasirodymo dažnumu ar vykdomomis iniciatyvomis, projektais. SAMBAH (Static Acoustic Monitoring of the Baltic Sea Harbour Porpoise) projekto metu (2011-2013 m.) nustatyta, kad Lietuvos jūriniame rajone epizodiškai registruojami jūros kiaulių signalai. Paskaičiuota, kad žiemos sezonu Lietuvos jūriniuose vandenyse gali būti aptinkama 1-2% centrinės Baltijos jūros kiaulių populiacijos. Lietuva svarsto dalyvauti HELCOM inicijuotame SAMBAH II projekte, kurio metu bus įvertinta centrinės Baltijos jūros kiaulės populiacija ir pasiūlytos priemonės populiacijos išsaugojimui. Duomenis apie rastus gyvus ar kritusius ruonius Lietuvos pajūryje surenka nevyriausybinės organizacijos, informacija kiekvieną mėnesį perduodama atitinkamoms savivaldybėms. Duomenis apie Lietuvos jūros rajone sutiktus ruonius registruoja žvejai savo žvejybos žurnaluose. Tačiau iki šiol nėra pilnai renkami ruonių ir paukščių priegaudos duomenys, skirti žvejybos poveikiui jūros ekosistemoms įvertinti, sprendžiami klausimai dėl gyvūnų priegaudos registravimo duomenų bazės. HELCOM jūros rajono būklę siūlo vertinti pagal keturis žinduolių rodiklius: 1) Ruonių populiacijos gausumo trendas (Population trends and abundance of seals). Lietuvai šis rodiklis nepritaikomas, nes pagal metodiką monitoringas vykdomas ruonių gulyklose, kurių Lietuvos jūros vandenyse nėra. 2) Baltijos ruonių pasiskirstymas (Distribution of Baltic seals). Gali būti taikomas tik iš dalies, remiantis Lietuvos priekrantėje paleidžiamų pilkųjų ruonių, pažymėtų palydoviniais arba GSM siųstuvais, stebėjimų duomenimis. 3) Ruonių įmitimo būklė ir 4) Ruonių reprodukcijos būklė būtų tinkami Lietuvos dalies jūros rajono būklės vertinimui, tiriant Lietuvos priekrantėje rastus negyvus ruonius. Priemonių jūros rajono būklei gerinti programos rengimo etape bus inicijuota duomenų rinkimo strategija būklės vertinimui pagal HELCOM rodiklius: Ruonių įmitimo būklė ir Ruonių reprodukcijos būklė.