A concentração de clorofila-a obtida por satélite, foi utilizada como proxy da biomassa de fitoplâncton e da produtividade primária. As águas costeiras, principalmente as da ilha da Madeira, são as mais propensas a variações de produtividade primária; De acordo com os dados de satélite, as médias sazonais apresentam-se mais elevadas no inverno e na primavera. No verão as concentrações de clorofila-a foram consistentemente baixas, sugerindo que a estratificação da coluna de água durante o verão limita a mistura vertical, e consequentemente, a disponibilidade de nutrientes nas camadas superficiais. Estes resultados são congruentes com os resultados preliminares de fitoplâncton.

À data de elaboração do presente relatório, não estava terminada a identificação taxonómica do fitoplâncton, pelo que se optou por apresentar uma breve caracterização dos principais grupos indicadores: dinoflagelados e diatomáceas. Os resultados indicam uma dominância de diatomáceas relativamente a dinoflagelados na grande maioria dos locais amostrados, sendo que a exceção ocorre precisamente nas áreas menos sujeitas a pressão antrópica, nomeadamente nas amostras colhidas nas ilhas Selvagens e nas ilhas Desertas, assim como na ilha do Porto Santo. Em termos de composição, a ordem com maior representatividade na grande maioria dos locais foi a Bacillariales, caracterizada essencialmente por diatomáceas do género Nitzschia, Cylindrotheca e Pseudo-nitzschia. No que refere aos dinoflagelados, os resultados preliminares indicam uma dominância da classe Dinophyceae, sendo que à data, a ordem com maior representatividade foi a Peridiniales, caracterizada por dinoflagelados do género Heterocapsa e Oxytoxum. Durante o período considerado e em nenhum dos locais amostrados foram detetados dinoflagelados do género Gambierdiscus. Recorde-se que este género de dinoflagelado é um dos principais responsáveis pela produção de ciguatoxinas prejudiciais à saúde humana e ambiental, e cuja ocorrência foi já confirmada por diversos autores nas ilhas Selvagens e nas massas de água costeiras da Madeira.

As águas oceânicas apresentam sempre concentrações de clorofila abaixo da média global, com valores entre os 0,10 e 0,12 mg/m3. No verão as concentrações de clorofila-a foram consistentemente baixas, sugerindo que a estratificação da coluna de água durante o verão limita a mistura vertical, e consequentemente, a disponibilidade de nutrientes nas camadas superficiais. Estes resultados são congruentes com os resultados preliminares de fitoplâncton.