Program Monitoring ptic, ki se prehranjujejo v bentoškem obmocju je del spremljanja populacij ptic v okviru projektnih monitoringov in pa rednih popisov ptic na zašcitenih obmocjih za vrste, za katere je bilo opredeljeno posebno obmocje varstva Natura 2000. V okviru programa se spremljajo podatki o vrstni sestavi, številcnosti, številu gnezdecih parov, demografiji, obmocju razširjenosti in obsegu habitata za vrsto sredozemski vranjek (Phalacrocorax aristotelis). Poročila o rezultatih, vključno z metodologijami: Zadnje poročilo za Naravovarstveni monitoring Sečoveljskih solin za leto 2019 je dostopno na povezavi: https://issuu.com/falco88/docs/monitoring_2019. Protokol za monitoring sredozemskih vranjekov po metodi ECAS (transektni popis na morju) je dostopen na povezavi: https://simarine-natura.ptice.si/wp-content/uploads/2016/10/C.1_AfterLIFEMonitoringMethod.pdf Nadgraditev metodologije v okviru projektne naloge "Monitoring vranjeka v slovenskem morju 2020-2021: https://www.ptice.si/publikacije/strokovna-porocila/2020-2/ Končno poročilo projekta SIMARINE je dostopno na povezavi: https://simarine-natura.ptice.si/wp-content/uploads/2019/11/Acrocephalus_Shag_Marine-IBAs_Koce.pdf Končno poročilo o monitoringu v letu 2020: https://www.ptice.si/wp-content/uploads/2021/01/Vranjek_vmesno-porocilo_2020-11-13.pdf

Program Monitoring ptic, ki se prehranjujejo v pelagičnem območju je del spremljanja populacij ptic v okviru rednih popisov ptic na zaščitenih območjih za vrste, za katere je bilo opredeljeno posebno območje varstva Natura 2000. V okviru programa se spremljajo podatki o vrstni sestavi, številčnosti, številu gnezdečih parov, demografiji, območju razširjenosti in obsegu habitata za vrsti navadna čigra (Sterna hirundo) in mala čigra (Sterna albifrons). Poročila o rezultatih, vključno z metodologijami: Zadnje poročilo za Naravovarstveni monitoring Sečoveljskih solin za leto 2019 je dostopno na povezavi: https://issuu.com/falco88/docs/monitoring_2019

Program Monitoring morskih sesalcev je del spremljanja populacij morskih sesalcev v okviru več projektnih nalog in monitoringov. V okviru programa se spremljajo podatki o porazdelitvi in številčnosti populacije, obseg habitata, prisotnost mladičev, vedenje in potencialne interakcije z ribolovnimi orodji ali pomorskim prometom za vrsto velika pliskavka (Tursiops truncatus). Poročila o rezultatih, vključno z metodologijami: Poročilo Monitoringa delfinov za poročevalsko obdobje 2013-2018 je dostopen na povezavi: http://www.ribiski-sklad.si/f/docs/Dokumenti/Monitoring_delfinov_za_porocevalsko_obdobje_2013-2018.pdf Poročilo o rezultatih popisa ASI v okviru ACCOBAMS, vključno z metodologijo, je dostopno na povezavi: https://accobams.org/wp-content/uploads/2019/04/MOP7.Inf33_ASI-Technical-Reports.pdf

Program Monitoring pridnenih rib kontinentalne ravnice je del spremljanja populacij rib v okviru monitoringa, ki se izvaja v okviru Strategije Monitoring populacij rib in lupinarjev, ki se izkoriščajo v gospodarske namene (D3), kjer so navedene tudi podrobnejše metodologije. V okviru programa se spremlja smrtnost (prilov) za naslednje ciljne vrste: električni morski skat (Torpedo marmorata), zvezdasta raža (Raja asterias), navadni morski golob (Myliobatis aquila), mol (Merlangius merlangus), molič (Trisopterus minutus) in kovač (Zeus faber). Sestava prilova je naključna in ne zagotavlja vsakokratnega spremljanja vseh ciljnih vrst s seznama.

Program Monitoring obalnih rib se izvaja v okviru projektnih nalog in monitoringov, ki se izvajajo v okviru dveh strategij in pripadajočih programov, kjer so navedene podrobnejše metodologije. V okviru strategije Monitoring biotske raznovrstnosti (D1, D4, D6) in programa Monitoring bentoških habitatnih tipov se spremlja številčnost populacije in obseg habitata za obalno ribjo združbo. V okviru strategije Monitoring populacij rib in lupinarjev, ki se izkoriščajo v gospodarske namene (D3), in programa Monitoring rib in lupinarjev, ki se izkoriščajo v gospodarske namene, se spremlja smrtnost (prilov). Sestava prilova je naključna in ne zagotavlja vsakokratnega spremljanja vseh ciljnih vrst. Poročila z opisanimi metodologijami Metodologija za oceno obalne ribje združbe kot celote je opisana v poročilu Orlando-Bonaca in sod. (2013).

Program Monitoring obalnih glavonožcev je del spremljanja populacij glavonožcev v okviru monitoringa, ki se izvaja v okviru Strategije Monitoring populacij rib in lupinarjev, ki se izkoriščajo v gospodarske namene (D3), kjer so navedene tudi podrobnejše metodologije. V okviru programa se spremlja smrtnost (lov in prilov) za naslednje ciljne vrste: sipa (Sepia officinalis), kratkoplavuti ligenj (Illex coindetii), pritlikavi ligenj (Alloteuthis media), ligenj (Loligo vulgaris), moškatna hobotnica (Eledone moschata), mala sipa (Sepia elegans). Za vrste glavonožcev, ki se izkoriščajo v gospodarske namene, se spremlja tudi število osebkov in velikost telesa. Sestava lova in prilova je naključna in ne zagotavlja vsakokratnega spremljanja vseh ciljnih vrst.

Program Monitoring habitata vodnega stolpca je del spremljanja značilnosti habitata v okviru več že obstoječih strategij in programov spremljanja, kjer so navedene podrobnejše metodologije. V okviru tega programa se izvaja spremljanje značilnosti habitatnega tipa pelagičnega habitata, ki je kot edini prisoten v morskih vodah Republike Slovenije, in sicer Vodni stolpec s sezonsko temperaturno razslojenostjo in zmanjšano slanostjo (A7.62). V okviru strategije Monitoring biotske raznovrstnosti (D1, D4, D6) in programov Monitoring ptic, ki se prehranjujejo v bentoškem območju, Monitoring ptic, ki se prehranjujejo v pelagičnem območju, Monitoring morskih sesalcev, Monitoring pridnenih rib kontinentalne ravnice, Monitoring obalnih rib in Monitoring obalnih glavonožcev, strategije Monitoring tujerodnih vrst organizmov (D2) in programov Monitoring naseljenih tujerodnih vrst organizmov, zlasti invazivnih, in Monitoring vplivov tujerodnih vrst na vrste in habitatne tipe ter strategije Monitoring pojava evtrofikacije (D5) in programov Monitoring klorofila a v vodnem stolpcu in Monitoring cvetenja škodljivih alg v vodnem stolpcu se spremljajo sestava, številčnost ali biomasa (prostorska in časovna variabilnost) vrst, ki so del vodnega stolpca. V okviru strategije Monitoring pojava evtrofikacije (D5) in programov Monitoring hranil v vodnega stolpcu in Monitoring raztopljenega kisika v pridnenem sloju vodnega stolpca ter v okviru strategije Monitoring trajnih sprememb hidrografskih razmer (D7) in programa Monitoring hidrografskih sprememb morskega dna in vodnega stolpca (vključno z območji v bibavičnem pasu) se spremljajo fizikalne, kemijske in hidrološke značilnosti habitata vodnega stolpca. V okviru strategije Monitoring pojava evtrofikacije (D5) in programov Monitoring klorofila a v vodnem stolpcu in Monitoring cvetenja škodljivih alg v vodnem stolpcu se spremljata koncentracija klorofila a in pogostost cvetenja planktona.

Program Monitoring bentoških habitatnih tipov je del spremljanja značilnosti habitata v okviru projektnih nalog. V okviru tega programa se spremlja obseg območja presoje, ki je fizično izgubljen, obseg območja presoje s fizičnimi motnjami v kvadratnih kilometrih, vrstna sestava in številčnost vrst morskih trav, obrežne ihtiofavne in pridnenih nevretenčarjev ter obseg habitata za naslednje bentoške habitatne tipe: litoralno skalovje (MA1), litoralni sediment (MA3, MA4, MA5, MA6), infralitoralno kamnito dno (MB1), infralitoralni pesek in mulj (MB5, MB6), cirkalitoralni biogeni grebeni (MC2), cirkalitoralni grobi sediment in pesek (MC3, MC5) in cirkalitoralni mulj (MC6). V okviru strategije Monitoring pojava evtrofikacije (D5) in programov Monitoring združb makrofitov in Monitoring združb makrofavne bentoških habitatnih tipov se spremljajo bentoški nevtetenčarji sedimentnega dna (M-AMBI) in makrobentoške alge (EEI-c) skladno z ODV. Poročila o rezultatih, vključno z metodologijami Poročilo o kartiranju morskih habitatnih tipov NATURA 2000 v slovenskem morju, vključno z metodologijo, je dostopno na povezavi: http://www.ribiski-sklad.si/f/docs/Dokumenti/koncno_porocilo_430-83-2017.pdf

Program Monitoring kemijskih značilnosti je del spremljanja značilnosti habitata v okviru več že obstoječih strategij in programov spremljanja, kjer so navedene podrobnejše metodologije. V okviru strategije Monitoring pojava evtrofikacije (D5) in programa Monitoring hranilnih snovi v vodnem stolpcu poteka spremljanje prostorske in časovne variabilnosti dušikovih in fosforjevih hranil, v okviru programa Monitoring raztopljenega kisika v pridnenem sloju vodnega stolpca poteka spremljanje prostorske in časovne variabilnosti koncentracij raztopljenega kisika. V okviru spremljanja splošnih fizikalno-kemijskih elementov kakovosti za oceno ekološkega stanja površinskih voda skladno z ODV se spremljata tudi pH in slanost morske vode, kar je navedeno v Programu monitoringa kemijskega in ekološkega stanja voda za obdobje 2016 do 2021. Rezultati programa monitoringa zadnjih let so dostopni na spletnih straneh: - podatki: https://www.arso.gov.si/vode/podatki/ - poročila: https://www.arso.gov.si/vode/morje/

Program Monitoring fizikalnih značilnosti je del spremljanja značilnosti habitata v okviru več projektnih nalog in monitoringov. Do leta 2016 se je spremljanje prostorske in časovne variabilnosti batimetrije izvajalo v okviru projektnih nalog (lasersko snemanje globin morja v priobalnem območju, posamezni drugi deli slovenskega morja: Koprski zaliv, sipina v Piranskem zalivu in podvodni izviri med Izolo in rtom Ronek, izdelava batimetričnega modela slovenskega morja), od leta 2016 pa potekajo meritve morskega dna v visoki ločljivosti. V okviru spremljanja prostorske in časovne variabilnosti morfologije dna so bile izmere nazadnje narejene leta 2010 in se posodabljajo po potrebi. V okviru spremljanja prostorske in časovne variabilnosti substrata morskega dna sta se leta 2017 naredila opis in ocena spremenjenosti strukture substrata obalnega pasu morja. Na hidroloških merilnih mestih hidrološkega monitoringa na rekah se spremlja tudi pretok vode (sočasno z višino vodne gladine in temperaturo vode). Podrobnejša vsebina metodologije za spremljanje hidrografskih razmer je navedena v okviru Programa hidrološkega monitoringa površinskih voda za obdobje 2016–2020. Spremljanje prosojnosti morske vode je del spremljanja splošnih fizikalno-kemijskih elementov kakovosti v okviru spremljanja stanja za oceno ekološkega stanja površinskih voda skladno z ODV. Podrobnejša vsebina metodologije za spremljanje prosojnosti morske vode kot del monitoringa spremljanje splošnih fizikalno-kemijskih elementov kakovosti v okviru spremljanja stanja za oceno ekološkega stanja površinskih voda po ODV je navedena v Programu monitoringa kemijskega in ekološkega stanja voda za obdobje 2016 do 2021. V okviru strategije Monitoring trajnih sprememb hidrografskih razmer (D7) in programa Monitoring hidrografskih sprememb morskega dna in vodnega stolpca (vključno z območji v bibavičnem pasu) poteka spremljanje prostorske in časovne variabilnosti temperature, valovanja, tokovanja in naraščanja gladine morja. V okviru strategije Monitoring podvodnega hrupa (D11) ter programov Monitoring antropogenega impulznega podvodnega hrupa v vodi in Monitoring antropogenega neprekinjenega nizkofrekvenčnega podvodnega hrupa v vodi poteka spremljanje prostorske in časovne variabilnosti podvodnega hrupa.

Program Monitoring bioloških značilnosti in funkcij ekosistemov je del spremljanja značilnosti habitata v okviru več že obstoječih strategij in programov spremljanja, kjer so navedene podrobnejše metodologije. V okviru tega programa se spremljajo struktura pelagične in bentoške združbe, povezave med habitati in vrstami morskih ptic, sesalcev, plazilcev, rib in glavonožcev. V okviru strategije Monitoring biotske raznovrstnosti (D1, D4, D6) in programov Monitoring ptic, ki se prehranjujejo v bentoškem območju, Monitoring ptic, ki se prehranjujejo v pelagičnem območju, Monitoring morskih sesalcev, Monitoring pridnenih rib kontinentalne ravnice, Monitoring obalnih rib in Monitoring obalnih glavonožcev, Monitoring habitata vodnega stolpca in Monitoring bentoških habitatnih tipov, ter strategije Monitoring pojava evtrofikacije (D5) in programa Monitoring združb makrofavne bentoških habitatnih tipov, v okviru katerih se spremlja struktura pelagične in bentoške združbe ter povezave med habitati in vrstami morskih ptic, sesalcev, plazilcev, rib in glavonožcev.