Monitoring dinamike (Prostorska in časovna variabilnost valovanja, tokovanja in višine morja) in temperature morja je del hidrološkega monitoringa površinskih voda v okviru spremljanja stanja za oceno hidromorfoloških elementov kakovosti skladno z ODV. Spremljanje fizikalno-oceanografskega stanja morja poteka skladno z ARSO pridobljenimi QA in QC ISO standardi 9001 in standardi mednarodnih strokovnih združenj (Bat s sod., 2016).V okviru programa Monitoring hidrografskih sprememb morskega dna in vodnega stolpca (vključno z območji v bibavičnem pasu) se spremlja naslednje fizikalno-oceanografske parametre: -Prostorska in časovno variabilnost temperaturetemperatura (C) -Prostorska in časovna variabilnost valovanja -značilna višina valov (m) -maksimalna višina valov (m) -smer valovanja (°) -perioda valovanja (s) -Prostorska in časovna variabilnost tokovanja -jakost morskih tokov na določeni globini (m/s) -Prostorska in časovna variabilnost višine morja o višina gladine morja (m). Podrobnejša vsebina metodologije za spremljanje hidrografskih razmer je navedena v okviru Programa hidrološkega monitoringa površinskih voda za obdobje 2016–2020. Spremljanje vrstne sestava in številčnost ali biomase vrst bentoškega habitatnega tipa ter obsega bentoškega habitatnega tipa za posamezne bentoške habitatne tipe se izvaja v okviru strategije Monitoring biotske raznovrstnosti (D1, D4, D6) programa Monitoring bentoških habitatnih tipov, kjer je tudi podrobnejši opis metodologije.