La surveillance des espèces inféodées à l’estran s’effectue à pied depuis l’estran ou au moyen de petits navires côtiers et se traduit par des comptages mensuels, des prélèvements et des suivis télémétriques. Les suivis seront faits faire selon la méthodologie mise en œuvre 1) dans le cadre du suivi spécifique aux Pertuis Charentais (Université de La Rochelle) et 2) dans le cadre du volet « Limicoles côtiers » de l’observatoire Patrimoine Naturel Littoral RNF-AAMP sur les différents types d’AMP (Réserves Naturelles Nationales RNN, Parcs Naturels Marins PNM, Zones de Protection Spéciale ZPS, …) et espaces fonctionnels proches, en intégrant d’autres espèces que les limicoles (ex : anatidés). Certains compléments pourront être apportés en termes de protocole, notamment en effectuant également des comptages à marée basse, en améliorant la connaissance du régime alimentaire. Le choix et le nombre de sites seront déterminés au premier cycle de surveillance, préalablement à la mise en œuvre opérationnelle. - Zones d’alimentation des espèces inféodées à l’estran : obtenues observation visuelles des comportements. Cela permet d’évaluer l’accessibilité en lien avec les activités humaines et/ou la détermination de l’effort de recherche alimentaire. La détermination des principales zones d’alimentation permet ensuite de localiser des stations d’échantillonnage visant à caractériser les sédiments et la macrofaune benthique associée (protocole testé sur 10 localités littorales Manche-Atlantique depuis 2007 dans le cadre du Volet « Habitats benthiques intertidaux » de l’Observatoire Patrimoine Naturel Littoral RNF-AAMP) ; - Régime alimentaire des espèces inféodées à l’estran : l’analyse des contenus stomacaux, des fèces, des régurgitas ou des isotopes stables permet de définir la composition et la qualité du régime alimentaire ; - Ressources trophiques des espèces inféodées à l’estran (suivi déjà existant dans les Pertuis Charentais à travers le suivi du stock alimentaire des limicoles ; à mettre en place pour les suivis RNF, phase test actuellement) : la qualité des habitats benthiques intertidaux se mesure en estimant la qualité des proies et du sédiment, l’accessibilité des proies (taille, profondeur d’enfouissement, profitabilité …), la biomasse disponible, la distribution des traceurs des proies recherchées par les espèces.

Les suivis s’effectuent en général à terre (pour le débarquement sur les colonies) ou à pied sur le littoral, ou encore à bord de petits navires côtiers ou en utilisant des moyens aériens (sur certaines colonies le suivi par photo aérienne est testé). La surveillance repose sur les dénombrements de colonies (avec biopsies, prélèvements de plumes), sur le suivi des macros déchets pour certaines espèces et sur les suivis télémétriques pour répondre à des questions précises. Éléments de protocole : - Présence, répartition et effectifs des nicheurs : méthodologie standardisée (document méthodologique du GISOM (Groupement d’intérêt scientifique oiseaux marins) pour le ROMN(recensement oiseaux marins nicheurs). - Paramètres démographiques : suivis de la reproduction pour connaître la production en jeunes et le succès de reproduction, et suivis par capture-marquage-recapture d’individus marqués dans des colonies. - Régime alimentaire : études spécifiques selon les espèces : alcidés et sternes par observations directes ; cormorans par analyse de pelotes de régurgitation ; fous et procellariiformes par analyse de régurgitas ; signatures isotopiques dans les plumes. - Pathogènes : par frottis sur les œufs, par prélèvements de plumes, de sang. - Zone fonctionnelle pour les oiseaux nicheurs : colonies / sites d’alimentation en mer : suivis télémétriques d’individus (balises Argos, GPS, GLS, etc.) et par suivis en navires.

Ce sous-programme repose sur des suivis aériens et des campagnes d’observation depuis des navires non dédiés (campagnes halieutiques principalement, navires de l’état en mer, lignes régulières), des observations depuis la côte au point fixe. Dispositifs de type A - Campagnes d’observation aériennes dédiées (type SAMM) Des observateurs placés dans des avions bimoteurs à ailes hautes, équipés de hublots bulle collectent les observations des espèces rencontrées (mammifères, tortues, oiseaux). Le protocole à suivre est celui mis en œuvre dans le cadre des campagnes SAMM (Suivi Aérien de la Mégafaune Marine) du programme PACOMM (Programme d’Acquisition de Connaissances sur les Oiseaux et les Mammifères Marins). Des éléments de protocole sont disponibles à l’adresse suivante : http://cartographie.aires-marines.fr/?q=node/45 (volet 1). Dispositifs de type B - Campagnes d’observation depuis des navires non dédiés Des observateurs embarqués sur les navires océanographiques de l’Ifremer lors des campagnes halieutiques récurrentes collectent des informations sur les espèces. Le protocole standard sur lequel s’appuyer est celui mis en œuvre par l’Unité Mixte de Service UMS PELAGIS depuis 2003 et à adapter sur les campagnes méditerranéennes en fonction des suivis déjà réalisés par les acteurs locaux. Des éléments de protocole sont disponibles à l’adresse suivante : http://cartographie.aires-marines.fr/?q=node/45 (volet 2). Dispositifs de type C - Observations depuis la côte au point fixe Des observateurs, placés sur des points stratégiques du littoral français, observent les oiseaux marins à la jumelle ou à la longue vue. Concernant le dispositif FAME (http://www.fameproject.eu/en/), les suivis à la côte concernent une trentaine de points répartis sur la façade Manche Ouest et Atlantique et suivis une fois par mois en été (d’avril à juin). Le suivi IWC (International Waterbird Census) est mené par des associations bénévoles, une journée par an. Ce suivi concerne l’ensemble des oiseaux d’eau présents en hiver en France métropolitaine (anatidés, limicoles, laridés, sternidés, grèbes, plongeons, alcidés, …). Les données issues des suivis IWC sont donc complémentaires aux recensements d’oiseaux marins à la côte pour l’hivernage, et des coopérations pour une valorisation des données disponibles sont à envisager.

Les protocoles utilisés sont principalement ceux des campagnes halieutiques menées par l’Ifremer et celles des navires de pêche embarquant des observateurs. Les campagnes de pêche scientifique standardisées ont pour objectif d'observer les ressources halieutiques, en suivant toujours les mêmes méthodes d'échantillonnage. Elles sont toujours réalisées dans la même zone, à la même saison, avec des engins de pêche standardisés, afin que les données soient comparables d'année en année. Elles servent à décrire les espèces, qu'elles soient commerciales ou non, d'une zone et à observer les changements s'il y en a. Les protocoles et résultats des campagnes démersales sont disponibles à l’adresse suivante : http://www.ifremer.fr/SIH-indices-campagnes/survey.action;jsessionid=2BF53127B231D82EDF94D53D025DBC94. Il est également prévu d'utiliser OBSMER sans modifications : il s'agit d'échantillonnages des captures à bord des navires de pêche (http://archimer.ifremer.fr/doc/00018/12895/9855.pdf)

Les protocoles utilisés sont principalement ceux des campagnes halieutiques menées par l’Ifremer et celles des navires de pêche embarquant des observateurs. Les campagnes de pêche scientifique standardisées ont pour objectif d'observer les ressources halieutiques, en suivant toujours les mêmes méthodes d'échantillonnage. Elles sont toujours réalisées dans la même zone, à la même saison, avec des engins de pêche standardisés, afin que les données soient comparables d'année en année. Elles servent à décrire les espèces, qu'elles soient commerciales ou non, d'une zone et à observer les changements s'il y en a. Les protocoles et résultats des campagnes sont disponibles à l’adresse suivante : http://www.ifremer.fr/SIH-indices-campagnes/survey.action;jsessionid=2BF53127B231D82EDF94D53D025DBC94. Il est également prévu d'utiliser OBSMER sans modifications : il s'agit d'échantillonnages des captures à bord des navires de pêche (http://archimer.ifremer.fr/doc/00018/12895/9855.pdf).

Les protocoles utilisés sont principalement ceux des campagnes halieutiques menées par l’Ifremer et celles des navires de pêche embarquant des observateurs. Les campagnes de pêche scientifique standardisées ont pour objectif d'observer les ressources halieutiques, en suivant toujours les mêmes méthodes d'échantillonnage. Elles sont toujours réalisées dans la même zone, à la même saison, avec des engins de pêche standardisés, afin que les données soient comparables d'année en année. Elles servent à décrire les espèces, qu'elles soient commerciales ou non, d'une zone et à observer les changements s'il y en a. Les protocoles et résultats des campagnes sont disponibles à l’adresse suivante : http://www.ifremer.fr/SIH-indices-campagnes/survey.action;jsessionid=2BF53127B231D82EDF94D53D025DBC94. Il est également prévu d'utiliser OBSMER – échantillonnages des captures à bord des navires de pêche (http://archimer.ifremer.fr/doc/00018/12895/9855.pdf) sans modifications.

La surveillance mobilise des petits navires côtiers scientifiques pour des sorties à la journée, et un équipement scientifique spécifique. Elle consiste à suivre les populations côtières de grands dauphins par observations, photo-identification et biopsies, permettant de connaître l’abondance en mer, la répartition et de répondre aux paramètres démographiques et d’état sanitaire des populations. État sanitaire des individus et paramètres écologiques : Pour les grands dauphins, il s’agit de réaliser des biopsies qui fourniront des informations sur la structure des populations (génétique), sur le niveau trophique (isotope) et sur le niveau de contamination (contaminants organiques). Des dosages hormonaux pourront également être envisagés pour évaluer le stress ou pour renseigner sur la reproduction. L’analyse des contenus stomacaux des animaux échoués ou capturés de façon accidentelle, fournira des informations sur la composition et la qualité du régime alimentaire, principalement pour les marsouins communs.

Ce sous-programme repose sur des suivis aériens et des campagnes d’observation depuis des navires non dédiés (campagnes halieutiques principalement, navires de l’état en mer, lignes régulières).Le traitement des données fait appel à de la modélisation spatiale utilisant diverses variables d’environnement, notamment océanographiques. Dispositifs de type A - Campagnes d’observation aériennes dédiées (type SAMM) Des observateurs placés dans des avions bimoteurs à ailes hautes, équipés de hublots bulle collectent les observations des espèces rencontrées (mammifères, tortues, oiseaux). Pour les oiseaux et mammifères marins, le protocole à suivre est celui mis en œuvre dans le cadre des campagnes SAMM (Suivi aérien de la mégafaune marine) du programme PACOMM (Programme d’acquisition de connaissances sur les oiseaux et les mammifères marins). Des éléments de protocole sont disponibles à l'adresse suivante : http://cartographie.aires-marines.fr/?q=node/45 (volet 1). Pour les tortues marines, le protocole sera défini lors du premier cycle de surveillance, préalablement à sa mise en œuvre opérationnelle. Dispositifs de type B - Campagnes d’observation depuis des navires non dédiés Des observateurs embarqués sur les navires océanographiques de l’Ifremer lors des campagnes halieutiques récurrentes collectent des informations sur les espèces. Pour les oiseaux et mammifères marins, le protocole standard sur lequel s’appuyer est celui mis en œuvre par l’Unité Mixte de Service UMS PELAGIS depuis 2003. Des éléments de protocole sont disponibles à l'adresse suivante : http://cartographie.aires-marines.fr/?q=node/45 (volet 2).Pour les tortues marines, le protocole sera défini lors premier cycle de surveillance, préalablement à sa mise en œuvre opérationnelle.

L’échantillonnage des mammifères marins échoués se fait par le biais des signalements rendus nécessaires par la circulaire interministérielle DNP/CFF 01/01 du 18/10/2001 ; leur identification, les prélèvements et leur autopsie font appel à un réseau de bénévoles formés et qualifiés, sous coordination de l’UMS PELAGIS. Une circulaire concernant la prise en charge des tortues marines échouées est actuellement en cours de signature; dans les SRM golfe de Gascogne, mers Celtiques et Manche-mer du Nord, l'identification, les mensurations et les prélèvements font appel à un réseau de bénévoles formés et coordonnés par l'Aquarium La Rochelle. Pour les mammifères marins , la méthode recommandée est celle des dispositifs du Réseau National Échouage (RNE) et pour les tortues marines, celle du Réseau Tortues Marines Atlantiques Est (RTMAE) et du Centre d'Etudes et de Soins pour les Tortues Marines de l'Aquarium La Rochelle (CESTM). - Effectif d’échouages : recensement du nombre d’échouages rapportés au linéaire côtier ; - Examens, dissections, autopsies des carcasses selon les protocoles standards diffusés dans le cadre des formations du RNE et du RTMAE ; Échantillonnage standard de prélèvements pour l’identification des causes de mortalité et des paramètres biologiques ; - État sanitaire et démographie par estimation de l’embonpoint et de paramètres biodémographiques tels que l’âge et le statut reproducteur ; - Structure de population : traceurs écologiques et génétiques ; - Alimentation et régime alimentaire : contenus digestifs, signatures isotopiques (à faire de façon systématique), traceurs métalliques, acides gras ; - Niveau de contamination : métaux et polluants organiques persistants (POPs) en lien avec le Descripteur « contaminants » du Bon État Écologique ; - Quantité et nature des déchets ingérés par l’analyse des contenus stomacaux/fèces pour les tortues marines selon la méthode de référence publiée par le Marine Litter GES TG (Groupe de travail européen sur les déchets comme indicateur du BEE). Référence concernant l’analyse des déchets ingérés par les mammifères marins et les tortues marines : Marine Litter: Technical Recommendations for the Implementation of MSFD Requirements, MSFD GES Technical Subgroup on Marine Litter, 2011. http://publications.jrc.ec.europa.eu/repository/bitstream/111111111/22826/2/msfd_ges_tsg_marine_litter_report_eur_25009_en_online_version.pdf

Pour les suivis directs des interactions en mer, l’échantillonnage s’effectue à bord de navires d’opportunité (navires de pêches) par des observateurs embarqués ainsi que par l’analyse des individus retrouvés échoués sur le littoral… Enfin, pour les tortues marines, des données complémentaires sont également collectées à la faveur d’enquêtes à l’aide d’entretiens semi-directifs. Pour les suivis indirects, l’échantillonnage est réalisé à partir d’autopsies d’individus retrouvés échoués sur le littoral (voir sous-programme "échouages des mammifères marins et des tortues marines").

Pour les suivis directs des interactions en mer, l’échantillonnage s’effectue à bord de navires d’opportunité (navires de pêches) par des observateurs embarqués ainsi que par l’analyse des individus retrouvés échoués sur le littoral… Enfin, pour les tortues marines, des données complémentaires sont également collectées à la faveur d’enquêtes à l’aide d’entretiens semi-directifs. Pour les suivis indirects, l’échantillonnage est réalisé à partir d’autopsies d’individus retrouvés échoués sur le littoral (voir sous-programme "échouages des mammifères marins et des tortues marines").

Pour la mise en œuvre de ce sous programme, il est prévu de s’appuyer sur les dispositifs existants suivants : -les dispositifs dont les données alimentent le système d’information halieutique (SIH) et le SIPA mis en œuvre au titre de la PCP ; -les dispositifs ou projets mis en œuvre de manière complémentaires à la réponse aux exigences de la PCP afin notamment de répondre à l’enjeu de suivi de certains métiers en zone côtière. C’est le cas du dispositif RECOPESCA. L’accès aux données relatives au suivi des activités de pêche s’effectue conformément aux dispositions de la DCF ou au travers du portail halieutique. Les méthodes de surveillance employées sont précisées sur les sites internet suivants, décrivant ces dispositifs. Site du SIH : http://sih.ifremer.fr/ Site du SIPA : http://www.sipa.dpma.developpement-durable.gouv.fr/ Site RECOPESCA : http://recopesca.ifremer.fr Présentation de RECOPESCA : http://sih.ifremer.fr/content/download/19977/129259/file/plaquette_recopesca___fevrier_2009.pdf

Les dispositifs permettant de réaliser le suivi sont les suivants : enquêtes téléphoniques, échantillonnages des pêcheurs et captures sur sites, suivi de panels de pêcheurs. Des précisions sont disponibles sur le site du SIH : http://sih.ifremer.fr/Description-des-donnees/Les-donnees-collectees/Peche-recreative

Les suivis se font à terre et via des navires professionnels (côtiers, hauturiers, d’opportunité). Il est prévu de se fonder sur l’existant mis en œuvre pour les besoins du règlement DCF, dont les protocoles et méthodes de surveillance mises en œuvre sont précisées aux liens suivants : OBSVENTES – échantillonnages des apports sous les criées et sur les marchés ; OBSMER – échantillonnages des captures à bord des navires de pêche ; SIH Ifremer – Pôle de sclérochronologie et paramètres biologiques des espèces cibles. OBSVENTES : http://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/fre/md.format.html?uuid=f6f20177-c190-4feb-8410-3454c19e6d8f&xsl=mdviewer Manuel OBSMER : http://archimer.ifremer.fr/doc/00018/12895/9855.pdf Site SIH : http://sih.ifremer.fr/

La surveillance fait appel à des navires côtiers, des navires hauturiers et des navires d’opportunité. Les campagnes halieutiques labellisées DCF mises en oeuvre dans le cadre de ce sous-programme sont : -les campagnes démersales Evhoe (protocole disponible sur : http://archimer.ifremer.fr/doc/00036/14707/12013.pdf) -les campagnes acoustiques pour le suivi des petits pélagiques PELGAS (protocole disponible sur : http://archimer.ifremer.fr/doc/00191/30259/28714.pdf) Il est également fait appel à d'autres campagnes halieutiques, sous réserve de financements : -campagnes démersales hauturières ORHAGO (fiche Sextant : http://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/fre/md.format.html?uuid=bc8a2fa9-22fc-4f45-89df-c422c5aa7988&xsl=mdviewer) et LANGOLF (fiche Sextant : http://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/fre/md.format.html?uuid=b531674a-b4f1-4730-ab54-4e0f9c4be641&xsl=mdviewer)

Selon le domaine concerné (zone médiolittorale, fonds de faible profondeur explorés en plongée, fonds accessibles aux navires océanographiques) et le type d’habitat, on fera appel à des outils et méthodes différents, qu’il s’agisse d’imagerie de surface (orthophotographie littorale avec validation par observation de terrain, imagerie satellitaire, imagerie acoustique des fonds) ou d’observations ponctuelles de terrain (vidéo sous-marines, mesures en plongées, prélèvements sédimentologiques, faunistiques ou floristiques, validations sur le terrain). L’utilisation de certains des outils logiciels d’analyses d’images sont en cours dans le cadre du programme européen JERICO (Réseau européen d’observation de l’environnement côtier : http://wwz.ifremer.fr/institut_eng/Documental-resources/Medias/Press-release/Archives/2013/Observer-proteger-et-gerer-les-cotes-europeennes-de-maniere-fiable-avec-des-outils-communs) et permettra notamment d’optimiser l’analyse des transects vidéo sous-marins. Concernant la répartition des habitats selon l’approche cartographique, il sera essentiel de coupler la cartographie à des prélèvements de la faune benthique pour permettre une bonne interprétation des données selon un référentiel typologique des habitats marins.

Le seul dispositif pérenne pouvant répondre aux objectifs de ce sous-programme est le DCE-Benthos (= REBENT National: http://envlit.ifremer.fr/surveillance/directive_cadre_sur_l_eau_dce/elements_de_qualite_ecologique), qui nécessite toutefois des modifications. Il existe par ailleurs des programmes ponctuels qui pourront également contribuer à ce sous-programme. Les moyens à mettre en œuvre pour l’étude de la macrofaune benthique sont globalement bien connus mais les méthodes ne sont pas toujours harmonisées entre les différents dispositifs existants.

Il existe un seul dispositif pérenne et réglementaire, le DCE Benthos (= REBENT National: http://envlit.ifremer.fr/surveillance/directive_cadre_sur_l_eau_dce/elements_de_qualite_ecologique), mais il doit faire l’objet d’importantes modifications pour pouvoir répondre aux besoins de la surveillance DCSMM. Il existe par ailleurs d’autres dispositifs mais dont les financements sont limités, ainsi que des suivis réguliers non pérennes et des suivis d’impact. Ils pourront contribuer à ce sous-programme. Les paramètres nécessaires pour l’évaluation de l’état écologique des habitats ont été identifiés. Les moyens à mettre en œuvre pour l’étude de la macrofaune benthique sont globalement bien connus mais les méthodes ne sont pas toujours harmonisées entre les différents dispositifs existants.

Il existe un seul dispositif pérenne et réglementaire, le DCE benthos (= REBENT National: http://envlit.ifremer.fr/surveillance/directive_cadre_sur_l_eau_dce/elements_de_qualite_ecologique), mais il doit faire l’objet d’importantes modifications. Le protocole utilisé pour les suivis DCE sera utilisé pour les macroalgues brunes avec des adaptations et des relevés supplémentaires. Globalement, un travail approfondi sur les protocoles est nécessaire pour les habitats à macroalgues rouges et brunes. Les protocoles seront donc précisés au premier cycle de surveillance, préalablement à la mise en œuvre opérationnelle.

Le suivi des communautés phytoplanctoniques nécessite des moyens et outils variés et complémentaires : campagnes sur des navires côtiers et hauturiers, mouillages fixes à la côte et au large, navires d’opportunité, télédétection, modélisation . Les suivis pérennes existants sont essentiellement basés sur des prélèvements d'eau, réalisés à pied ou en bateau. En complément des prélèvements et analyses traditionnelles, sont utilisés des systèmes semi-automatisés sur des navires d’opportunité scientifiques, commerciaux ou de plaisance, et des bouées (Continuous Plankton Recorder ou CPR, etc.). Les navires équipés de systèmes de mesure automatisées permettent d’augmenter considérablement la superficie de la zone couverte, et les bouées instrumentées la fréquence temporelle des mesures. Concernant les analyses en laboratoire, elles sont également diverses. Pour les suivis existants, les méthodes traditionnellement utilisées sont : Pour la diversité du micro-phytoplancton : Microscopie optique inversée, microscopie électronique à balayage, microscopie à épifluorescence, chromatographie en phase liquide à haute performance (HPLC). Pour la diversité du pico et du nano phytoplancton : Méthodes traditionnelles : microscopie à épifluorescence, microscopie électronique à balayage, cytométrie en flux. Pour caractériser l'état physiologique du compartiment « Phytoplancton » via les paramètres photosynthétiques : - Méthodes indirectes (proxy via le suivi des changements de la concentration en chlorophylle et/ou de la biomasse) : analyses pigmentaires (chromatographie (HPLC), fluorimétrie, spectrophotométrie), sondes CTD2 mesurant la fluorescence totale (proxy de la chlorophylle a) ou spectrale (groupes pigmentaires), microscopie optique (biomasse carbonée estimée à partir des biovolumes cellulaires), réflectance/couleur de l’eau par télédétection satellite. - directes : incubations/isotopes radioactifs. Des méthodes opérationnelles innovantes pourraient également être utilisées lors du premier cycle de surveillance, notamment pour améliorer les fréquences spatio-temporelles : Pour la diversité du micro-phytoplancton : Analyse d’image (de type FlowCAM), signature optique et taille cellulaire (cytométrie en flux de type CytoSense), fluorimétrie spectrale, méthodes génomiques. Ces techniques peuvent être implantées sur des capteurs / systèmes automatisés ou semi-automatisés pour des mesures in situ ou des prélèvements à haute fréquence temporelle et/ou large couverture géographique. De nouveaux algorithmes de traitement des images de réflectance et de télédétection satellitale (par exemple, méthode PHYSAT), permettant désormais d'obtenir des informations sur la diversité du microphytoplancton. Pour la diversité du nano phytoplancton : Cytométrie en flux traditionnelle de type CytoSense sur des systèmes/capteurs automatisés ou semi-automatisés, fluorescence spectrale, métagénomique, réflectance et télédétection satellitale (méthode PHYSAT). Pour caractériser l'état physiologique du compartiment « Phytoplancton » via les paramètres photosynthétiques : Capteurs automatisés ou semi-automatisés, fluorescence variable (PAM, FRRF, AOA, ALA3).Le suivi des communautés phytoplanctoniques nécessite des moyens et outils variés et complémentaires : campagnes sur des navires côtiers et hauturiers, mouillages fixes à la côte et au large, navires d’opportunité, télédétection, modélisation . Les suivis pérennes existants sont essentiellement basés sur des prélèvements d'eau, réalisés à pied ou en bateau. En complément des prélèvements et analyses traditionnelles, sont utilisés des systèmes semi-automatisés sur des navires d’opportunité scientifiques, commerciaux ou de plaisance, et des bouées (Continuous Plankton Recorder ou CPR, etc.). Les navires équipés de systèmes de mesure automatisées permettent d’augmenter considérablement la superficie de la zone couverte, et les bouées instrumentées la fréquence temporelle des mesures. Concernant les analyses en laboratoire, elles sont également diverses. Pour les suivis existants, les méthodes traditionnellement utilisées sont : Pour la diversité du micro-phytoplancton : Microscopie optique inversée, microscopie électronique à balayage, microscopie à épifluorescence, chromatographie en phase liquide à haute performance (HPLC). Pour la diversité du pico et du nano phytoplancton : Méthodes traditionnelles : microscopie à épifluorescence, microscopie électronique à balayage, cytométrie en flux. Pour caractériser l'état physiologique du compartiment « Phytoplancton » via les paramètres photosynthétiques : - Méthodes indirectes (proxy via le suivi des changements de la concentration en chlorophylle et/ou de la biomasse) : analyses pigmentaires (chromatographie (HPLC), fluorimétrie, spectrophotométrie), sondes CTD2 mesurant la fluorescence totale (proxy de la chlorophylle a) ou spectrale (groupes pigmentaires), microscopie optique (biomasse carbonée estimée à partir des biovolumes cellulaires), réflectance/couleur de l’eau par télédétection satellite. - directes : incubations/isotopes radioactifs. Des méthodes opérationnelles innovantes pourraient également être utilisées lors du premier cycle de surveillance, notamment pour améliorer les fréquences spatio-temporelles : Pour la diversité du micro-phytoplancton : Analyse d’image (de type FlowCAM), signature optique et taille cellulaire (cytométrie en flux de type CytoSense), fluorimétrie spectrale, méthodes génomiques. Ces techniques peuvent être implantées sur des capteurs / systèmes automatisés ou semi-automatisés pour des mesures in situ ou des prélèvements à haute fréquence temporelle et/ou large couverture géographique. De nouveaux algorithmes de traitement des images de réflectance et de télédétection satellitale (par exemple, méthode PHYSAT), permettant désormais d'obtenir des informations sur la diversité du microphytoplancton. Pour la diversité du nano phytoplancton : Cytométrie en flux traditionnelle de type CytoSense sur des systèmes/capteurs automatisés ou semi-automatisés, fluorescence spectrale, métagénomique, réflectance et télédétection satellitale (méthode PHYSAT). Pour caractériser l'état physiologique du compartiment « Phytoplancton » via les paramètres photosynthétiques : Capteurs automatisés ou semi-automatisés, fluorescence variable (PAM, FRRF, AOA, ALA3).

La surveillance s’opère à terre ou sur l’eau grâce à des mouillages instrumentés ou moyens nautiques légers. La modélisation et la télédétection sont aussi utilisées. La surveillance mobilise le réseau d'observations des stations hydrométriques dans le cadre du programme RID d'OSPAR, ainsi que des réseaux locaux dédiés à l'étude des flux de nutriments, opérés par les Agences de l'Eau, les DREAL, les DDTM, les universités... dont certains sont déjà utilisés dans le cadre du RID. La méthode de suivi du programme RID est décrite dans le document "RID Principle: Comprehensive Study on Riverine Inputs and Direct Discharges (reference number: 19985), as amended by ASMO 2005 (Annex 5 to the ASMO 2005 Summary Record, ASMO 05/13/1" : http://www.ospar.org/v_measures/get_page.asp?v0=98-05f_Principes%20RID.doc&v1=5

Le suivi des marées vertes consiste en enquêtes menées auprès des communes littorales (concernant les quantités échouées et ramassées) et en trois survols du linéaire côtier avec contrôles de terrain aux périodes suivantes : mi-mai, mi-juillet, mi-septembre, auxquels s'ajouteront d'autres survols si nécessaire pour certaines zones (vasières). Dans le bassin Loire -Bretagne, en complément de ces trois survols, il y en a quatre au titre du contrôle opérationnel DCE (août/octobre) dans les secteurs les plus touchés par les marées vertes. Le réseau de suivi des algues vertes est décrit sur la fiche Sextant suivante : http://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/fre/md.format.html?uuid=f67978de-4bc5-498b-8dc3-429027006519&xsl=mdviewer Le protocole du CEVA est décrit dans le document suivant : http://envlit.ifremer.fr/content/download/81266/556720/version/1/file/DCE_Bloom+opportunistes_CEVA_2011.pdf

La surveillance s’opère à terre ou sur l’eau grâce à des mouillages instrumentés. La modélisation est utilisée. L'approche sera fondée sur les estimations des émissions atmosphériques d’azote (par modélisation eulérienne – Unified EMEP Model) ainsi que des calculs des retombées atmosphériques d’azote recueillies dans le cadre du programme exhaustif de surveillance de l’atmosphère CAMP, mis en œuvre dans le cadre de la convention OSPAR, décrit dans le document ci-dessous : http://www.ospar.org/documents/dbase/decrecs/agreements/01-07e_CAMP%20Principles.doc

La mise en place d’une surveillance opérationnelle des conditions hydrodynamiques et hydrologiques à différentes échelles spatio-temporelles nécessite l’établissement d’un système d’observation pérenne et de simulations numériques pour suivre et prévoir en continu le devenir de l’océan, et fait appel à des moyens et outils variés : navires côtiers, navires hauturiers, navires d’opportunité, moyens aériens, mouillages instrumentés, exploitation de bases de données d’usages, télédétection, modélisation. Les Les méthodologies utilisées sont celles des dispositifs suivants : - Observation de terrain : campagnes IGA (http://wwz.ifremer.fr/lern/Observation/Environnement/Impact-des-grands-amenagements-IGA) ; les campagnes d'hydrographie et d'océanographie physique planifiées du SHOM ; prélèvements et mesures à partir de navires d'opportunité à l'aide de systèmes automatisés ou semi-automatisés type ferrybox (fiche Sextant : http://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/fre/md.format.html?uuid=57854f45-869a-4e32-a2d0-6014f76281d0&xsl=mdviewer) ; infrastructure de collecte de données du consortium Coriolis (http://www.coriolis.eu.org/) ; bouées instrumentées MAREL ; REPHY (http://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/fre/md.format.html?uuid=aa8fe568-d2c0-4b53-a8bb-d9fcef2b5293&xsl=mdviewer) ; RECOPESCA (http://wwz.ifremer.fr/peche/Les-defis/Les-partenariats/Avec-les-professionnels/Recopesca) ; Réseau d’observation du niveau de la mer (RONIM) (http://refmar.shom.fr/fr/partenaires/producteurs-de-donnees/reseau-maregraphique-ronim) ; RESOMAR (http://resomar.cnrs.fr/) et SOMLIT (http://somlit.epoc.u-bordeaux1.fr/fr/) ; Centre d’archivage national de données de houles in situ (CANDHIS, http://candhis.cetmef.developpement-durable.gouv.fr) ; Bouées Météo France (http://www.meteo.shom.fr/real-time/) ; observations par satellites de température de surface, couleur de l'océan (MyOcean, AVISO, CERSAT, Vigisat) et vagues. Modélisation de la circulation océanique, des états de mer, de la marée : PREVIMER (http://www.previmer.org/) ; MERCATOR (http://www.mercator-ocean.fr/fre/) (modèles OPA/NEMO, HYCOM, MARS, TELEMAC 3D, ECWAN, WWIII, MFWAM) Voir aussi la page http://www.ifremer.fr/sextant/fr/web/dcsmm/documentation-annexe2

La surveillance des paramètres physico-chimiques fera appel à des moyens variés : navires côtiers, navires hauturiers, navires d’opportunité, mouillages instrumentés, exploitation de bases de données d’usages, télédétection, modélisation. Plus précisément, les dispositifs utilisés sont : Suivi satellitaire de surface ; suivis IGA ; Réseaux MAREL, RECOPESCA (http://wwz.ifremer.fr/peche/Les-defis/Les-partenariats/Avec-les-professionnels/Recopesca) et REPHY (http://envlit.ifremer.fr/content/download/81386/558742/file/Cahier_REPHY_2012_version_finale_12_sep_%202012.pdf) ; les réseaux SOMLIT ((http://somlit.epoc.u-bordeaux1.fr/fr/) et Resomar-Pelagos (http://resomar.cnrs.fr/) ; Station instrumentée multicapteurs DORA ; suivi Ferrybox (http://wwz.ifremer.fr/lpo/content/download/60603/828366/file/08_VAS_TSG_Pascal_Morin.pdf) ; campagnes scientifiques et hydrographiques, modélisation MARS 3D Les protocoles de prélèvement, de conservation et d'analyses des échantillons pour l'analyse des nutriments sont détaillés dans les document ci-dessous : • Aminot & Kérouel, 2004 ; Aminot & Kérouel, 2007 ; • Lignes directrices OSPAR JAMP de la surveillance continue de l’eutrophisation : nutriments ; • Lignes directrices OSPAR sur les procédures harmonisées de quantification et de notification des nutriments (HARP-NUT) (Ref. 2004-2) ; • Eutrophication Monitoring Programme (OSPAR Agreement 2005-4 – en révision) (Annexe 5) ; • ICES advice on the review and update of JAMP eutrophication monitoring guidelines (2009) ; • Daniel A., 2009. Technique de prélèvement hydrologique. DVD d’apprentissage. Document Aquaref/Onema disponible librement à l’adresse suivante : http://envlit.ifremer.fr/var/envlit/storage/documents/dossiers/prelevementhydro/index.html ; • Daniel A ., 2009. Document de méthode hydrologie. Consignes pour le prélèvement d’échantillons d’eau en vue de mesures hydrologiques. Rapport DYNECO/PELAGOS/09.01 ; • Daniel A., Kerouel R., Aminot A., 2010. Document de méthode hydrologie. Compléments au manuel de méthodes d’analyses en milieu marin « Dosage automatique des nutriments dans les eaux marines » (2007). Rapport DYNECO/PELAGOS/10.05.

La prévision météorologique marine s’appuie sur des observations in situ, réalisées par du suivi à terre, des navires côtiers, des navires hauturiers, des navires d’opportunité, des moyens aériens, des mouillages instrumentés et la télédétection, ainsi que sur l'exploitation de bases de données d’usages et la modélisation. Il faut notamment citer le réseau de bouées Météo-France et les modèles ARPEGE (http://www.cnrm.meteo.fr/spip.php?article121), ALADIN (http://www.cnrm.meteo.fr/spip.php?article122) et AROME (http://www.cnrm.meteo.fr/spip.php?article120). Ces dispositifs couvrent les besoins de la surveillance DCSMM.