Pagal dabar galiojančią tvarką, gilinimo darbų metu, uosto lėšomis atliekami nuolatiniai nerštinės žuvų migracijos intensyvumo bei gilinimo įtakos praeivėms žuvims tyrimai ir pagal jų duomenis operatyviai (per parą) turėtų būti koreguojami darbai. Uosto gilinimas nėra vienintelis triukšmo šaltinis trukdantis žuvų migraciją. Yra kitų didelio triukšmo šaltinių, tokių kaip pvz.: polių kalimas ir kt., kurie taip pat, trukdo žuvų migracijai. Šiuo metu, ichtiologinis monitoringas yra vykdomas, naudojant įvairiaakius statomuosius tinklaičius, kurių dėka nustatomas svarbių migruojančių žuvų gausumas ir atitinkamai teikiama informacija dėl darbų koregavimo. Metodo silpnoji vieta yra ta, kad tinklų eilės gali būti pastatomos tose vietose, kuriose nevyksta intensyvi laivyba, tuo tarpu intensyviausia žuvų migracija vyksta farvateriu ir giliose vietose, būtent ten, kur laivyba yra intensyvi. Be to, kaip rodo daugiamečiai tyrimai uosto akvatorijoje, šis metodas nėra tinkamas lašišų ir šlakių migracijų nustatymui. Dėl šių priežasčių, žuvų migracijų stebėjimą metodą reikėtų tobulinti arba pakeisti, tyrimus vykdant akustinėmis priemonėmis, kurios leistų įvertinti žuvų migracijas ir giliose uosto vietose. Ypač tai aktualu, stebint lašišų ir šlakių migracijas. Siūloma parengti studiją dėl galimybės stebėti žuvų migracijas per Klaipėdos sąsiaurį akustiniais metodais realiu laiku, bei paruošti rekomendacijas tyrimų metodų ir instrumentinės bazės parengimui. Informacija realiu laiku apie žuvų santalkas ir migracijas per Klaipėdos sąsiaurį, leistų uosto atnaujinimo ir vystymo darbus vykdyti su minimizuotu poveikiu žuvų ištekliams.

Nepaisant perpelių apsaugai skirtų įgyvendinamų priemonių (LR vyriausybės nutarimas Nr.276) paaiškėjo, kad jos yra nepakankamos. Ataskaitoje Europos Komisijai apie Buveinių direktyvos įgyvendinimą Lietuvoje perpelių populiacijos būklė įvertinta kaip bloga. Tikslinga perpelių populiaciją atkurti iki 2011 m. buvusio lygio. Syko būklė yra bloga daugiau nei keletą dešimtmečių, turi būti taikomos priemonės, susijusios su rūšies priegaudos/mirtingumo mažinimu verslinėje žvejyboje tiek Kuršių mariose, tiek Baltijos jūroje. Būtina atlikti detalius rūšies tyrimus identifikuojant rūšiai svarbiausius migracijos kelius į/iš nerštaviečių Kuršių mariose, metų laiką, jauniklių išmigravimo kelius ir laiką iš Kuršių marių, identifikuoti rūšies įvairioms amžinėms grupėms svarbias teritorijas Baltijos jūroje. Taip pat būtini tyrimai, siekiant išsiaiškinti kokiuose žvejybos įrankiuose Baltijos jūros priekrantėje ir Kuršių mariose kokiu sezonu gali būti sugaunami dideli neverslinio ilgio sykų individų kiekiai. Gauta informacija leistų parengti syko populiacijos atkūrimo programą.

HELCOM Baltijos jūros veiksmų plane numatytos priemonės, skirtos lašišų ir šlakių populiacijų būklės gerinimui (veiksmų kodai B16, S50, S51). Jos turi būti įgyvendinamos tiek regioniniu, tiek nacionaliniu mąstu. Šios Baltijos jūros veiksmų plano priemonės yra tampriai tarpusavyje susijusios, todėl būtų tikslinga atlikti mokslinį tiriamąjį darbą, kuriame būtų paruošti šių priemonių įgyvendinimo planai ir pateiktos rekomendacijos dėl jų įgyvendinimo.

Atlikti tyrimą, siekiant įvertinti, iš kokių akvatorijų Baltijos jūros priekrantėje ir Kuršių mariose žvejybos išėmimas būtų vertingiausias gamtiniu ir GAB požiūriu. Sumažinti žvejybos intensyvumą Baltijos jūros priekrantėje ir Kuršių mariose, taip pat ją ribojant ypač intensyviose žuvų migracijų vietose, siekiant pagerinti žuvų bendrijų būklę ir sumažinti žiemojančių paukščių, ruonių mirtingumą. Akvatorijos bus identifikuojamos, įvertinant saugomų žuvų, žiemojančių paukščių, ruonių gausumą, žuvų nerštavietes ir žuvų migracijų kelius. Taip pat, rekreacinės (mėgėjų) žvejybos apimtys ir poveikis verslinių ir neverslinių žuvų populiacijoms Lietuvos Baltijos teritorinėje jūroje, priekrantėje ir Kuršių mariose nėra išsamiau tirti ir yra nežinomi.