Įvertinti teršalų paplitimą  Klaipėdos uosto įmonių išleidžiamose nuotekose  į Klaipėdos sąsiaurį, numatyti priemones ir technologijas su nuotekomis patenkančių teršalų sumažinimui ar pašalinimui

Pirminė pasiūlyta priemonė paremta integruotu maistmedžiagių kaitos vertinimu (ekologinio modelio sukūrimu) viską apimančioje sistemoje: baseino→upės→Kuršių marių→Baltijos jūros kontinuume. Ekologinio modelio pagalba būtų galima įvertinti taršos iš Nemuno upės baseino, atmosferos ir vidinės taršos Kuršių mariose apkrovų poveikį Kuršių marių ir Baltijos jūros vandensaugos tikslams ir priemonių gerai būklei pasiekti efektyvumą. Pagrindinis priemonės tikslas nustatyti galimus didžiausius taršos apkrovos iš baseino (žemyninės dalies), atmosferinės depozicijos, biologinės azoto fiksacijos, vidinės taršos mariose (iš dugno nuosėdų, iš uosto įmonių) ir jos patekimo į priekrantę bei pernašą į atvirą jūrą dydžius. Gauti rezultatai leistų įvertinti ir numatyti: 1. atlikti pavienių gamtosauginių priemonių efektyvumo vertinimą siekiant geresnės aplinkos būklės Kuršių mariose ir Baltijos jūros priekrantėje bei atviroje dalyje; 2. išmatuoti ir apskaičiuoti biogeninių junginių transformacijų (atmosferos azoto fiksacijos, mineralizacijos, denitrifikacijos, fosforo atsipalaidavimo ir t.t) įtaką srautams į priekrantę; 3. įvertinti uosto veiklos (t.y. nuotekų išleidimus iš uosto įmonių) poveikį siekiant vandensaugos tikslų; 4. ilgalaikius geros aplinkos būklės kriterijus. Tačiau priemonė vėliau modifikuota, paliekant vidinės taršos Kuršių mariose, biogenų transformacijos vandens stulpe, dugno nuosėdų poveikio Kuršių marių eutrofikacijai ir išnešamų vandenų poveikio Baltijos jūros priekrantei vertinimą.

Prireikus pateikti Seimui Baltijos jūros baseino jūrinės aplinkos apsaugos konvencijos pakeitimo III priedo „Taršos iš sausumos taršos šaltinių prevencijai taikomi kriterijai ir priemonės“ II dalį „Taršos iš žemės ūkio šaltinių prevencija“ siekiant ją ratifikuoti

Nendrių juosta užima didžiąją marių kranto linijos tiek vakarinėje, tiek ir rytinėje dalyje. Nendrių suformuota juosta, tikėtina, funkcionuoja kaip biogeocheminis reaktorius, kurioje suneštas fitoplanktonas ir kita biogeninė medžiaga skaidant gali būti paverčiama į azoto ir fosforo junginius. Susidarę junginiai yra asimiliuojami arba audrų metų išplaunami į atvirą marių dalį. Kita vertus, nendrės gali asimiliuoti ir dalį su upėmis atneštų maistmedžiagių į biomasę. Šienaujant nendres ir tinkamai jas vėliau utilizuojant (kompostuojant, naudojant biokurui ar stogų dangoms) galima būtų iš ekosistemos ""išnešti"" tam tiktą kiekį biogenninių junginių ir taip pat - pagerinti bioįvairovę.

Šiuo metu atliekamas Kuršių marių monitoringas pagal makrozoobentosą jokio atsako į eutrofikaciją nerodo, kadangi tyrimų stotys išdėstytos giliai, kur itin maža rūšinė įvairovė. Šios priemonės tikslas - parengti Kuršių marių litoralės (sekliosios zonos, kur rūšinė įvairovė yra labai didelė ir reaguojanti į eutrofikacijos intensyvumą) monitoringo programą, į kurią įeitų ir būklės vertinimo metodikos bei indikatoriaus vystymas/sukūrimas (nes kol kas tokio nėra).