Pagal Bendrąją vandens politikos direktyvą, visi tarpiniai ir priekrantės vandens telkiniai yra rizikos grupėje, jiems prašomos tikslų pasiekimo išimtys dėl būklės netikrumo ir dėl gamtinių sąlygų. Lietuvai priklausanti Kuršių marių dalis apima tik ketvirtadalį viso vandens telkinio, o Baltijos jūros priekrantė (tik apie 90 km) – viena trumpiausių iš visų su Baltijos jūra besiribojančių valstybių. Šių vandens telkinių aplinkos būklė priklauso ne tik nuo išorinių veiksnių (prietakos su upėmis, tarptautinės taršos), bet ir nuo pačioje sistemoje vykstančių biogeocheminių procesų (pvz. organinės medžiagos skaidymas, apykaitos procesai, denitrifikacija, atmosferinio azoto fiksacija ar fosforo iš dugno atsipalaidavimas). Tyrimų duomenys rodo, kad Kuršių mariose ir centrinės Baltijos jūros dugno nuosėdose istoriškai susikaupę dideli biogeninių junginių kiekiai, kurie, esant deguonies stygiui ar nuosėdų resuspensijai Kuršių mariose, pakartotinai atpalaiduojami į vandens stulpą (Zilius et al. 2014). Antrinė biogeninių medžiagų tarša Kuršių mariose iš dugno nuosėdų tampa ypač aktuali vasaros metu, kai jų prietaka yra minimali su Nemuno upe. Šiuo periodu bendro ištirpusio azoto ir fosfatų per dieną patenka iki ~80% daugiau nei jų yra atnešama su upe (Petkuviene et al. 2016; Zilius et al. 2018). Kuršių mariose dėl specifinių hidrodinaminių (pvz. vandens apykaitos laiko) sąlygų vyrauja tranzitinė (šiaurinė dalis) ir akumuliacinė (centrinė-pietinė) zonos (Ferrarin et al. 2008). Pastarojoje, ypač dėl ilgesnio apykaitos laiko ir didesnio gylio, vyksta intensyviausias fitoplanktono žydėjimas ir dumblo kaupimasis, sąlygojantys didelius biogeninių medžiagų kiekius tiek vandens storymėje, tiek ir dugno nuosėdose (Zilius et al. 2014, 2018, 2021; Vaičiūtė et al. 2021). Šiaurinėje, Lietuvai priklausančioje Kuršių marių dalyje, sutinkama daugiau tranzitinė sedimentacinė aplinka, kuri pasižymi trumpu vandens masių apykaitos laiku, mažesniais gyliais ir intensyvia resuspensija, kuri riboja organinės medžiagos kaupimąsi (Ferrarin et al. 2008). Todėl čia daugiausia vyrauja smulkaus smėlio nuosėdos (Zilius et al. 2014; Bartoli et al. 2021) su mažu organinės medžiagos kiekiu. Apibendrinti tyrimų duomenys rodo, kad sekli Kuršių marių dugno aplinka funkcionuoja kaip akumuliacinė aplinka biogeniniams junginiams, o gilesnė dugno aplinka – kaip šaltinis. Kaip rodo tyrimų rezultatai, centrinėje Baltijos jūros dalyje, Gotlando baseino dugno nuosėdose taip pat susikaupęs didelis fosforo kiekis, kuriam reikšmingos įtakos turi klimatinės sąlygos ir Šiaurės jūros vandenų įtekėjimas į giluminius Gotlando rajono sluoksnius (Hall et al. 2017). Kaip ir Kuršių marių centrinėje-pietinėje dalyje, pakankamo deguonies kiekio sąlygų metu Gotlando įduboje didelė dalis fosforo yra surišama dugno nuosėdose geležies junginiuose. Deguonies trūkumo periodais, nesant Šiaurės jūros vandenų įtekėjimų, apie 2/3 surišto fosforo grįžta į priedugninį vandenį ir tampa prieinamas mikroskopiniams dumbliams. Skaičiavimai rodo, kad centrinės Baltijos jūros dalies dugno nuosėdose mobilaus fosforo kiekis gali siekti 55-156 tūkstančiai tonų (Malmaeus, Magnus Karlsson, 2020) ir ženkliai viršyti su upių vandenimis pritekančio fosforo kiekį iš žemyninės dalies (15 tūkst. tonų). Atsižvelgiant į tokius atviros Baltijos jūros dugno nuosėdose sukauptus fosforo kiekius, bei jų kaupimosi ir atsipalaidavimo iš dugno nuosėdų priklausomybę nuo Šiaurės jūros vandenų įtekėjimo, aplinkos būklės valdymo ir geros aplinkos būklės pasiekimo galimybės Lietuvos atviros jūros dalyje yra labai ribotos. Be antrinės taršos biogeniniais junginiais iš dugno nuosėdų, Kuršių mariose ir Baltijos jūroje dideli azoto kiekiai surišami mikroskopinių dumblių biomasėje dėka atmosferinio azoto fiksacijos (Zilius et al. 2021). Naujausiais vertinimais, ištirpusį molekulinį azotą (N2) gebančios fiksuoti melsvabakterės biomasėje vegetaciniu periodu (liepos–rugsėjo mėn.) Kuršių mariose (tarpinių kategorijos vandens telkinys) gali akumuliuoti vidutiniškai iki 60% daugiau nei tuo pat metu patenka bendro azoto su Nemuno upe (Zilius et al. 2021). Persiskaičiavus šiuos greičius 2018 m. visoms Kuršių marioms, biologinės azoto fiksacijos metu, žydint melsvabakterėms, preliminariai patenka apie ~4400 tonų azoto (Zilius et al. 2021). Todėl antrinė tarša dėl aktyvių biogeocheminių procesų (tarša iš dugno nuosėdų ir atmosferos azoto fiksacija) gali sudaryti iki 35 000 tonų, kuri vidutiniškai atitinka virš 70% bendro azoto prietakos su Nemunu 2012–2016 m. (Vybernaite-Lubiene et al. 2018). Todėl šis kiekis, atsirandantis dėl vidinių biogeocheminių procesų yra tikėtina svarbus veiksnys, lemiantis ekosistemos funkcionavimą ir aplinkos būklę. Baltijos jūroje, šiltuoju metų laiku intensyviai vystantis melsvabakterėms, šių dumblių masė gali padengti apie 100-200 tūkst. km2 – beveik pusę – Baltijos jūros ploto. Iš atmosferos azotą savo vystymosi procesams „paimdamos“ melsvabakterės į Baltijos jūrą kasmet gali „atnešti“ apie 300-600 tūkst. tonų azoto, o tai yra antra tiek, kiek azoto patenka su upėmis (pvz., 2018 m. su upėmis į Baltijos jūrą buvo atnešta apie 530 tūkst. tonų azoto (https://helcom.fi/media/documents/BSEFS-Waterborne-nitrogen-and-phosphorus-inputs-and-water-flow-to-the-Baltic-Sea.pdf).