Lietuvos Baltijos jūros rajonas nesiekia geros cheminės būklės dėl sunkiųjų metalų (gyvsidabrio, švino), di(2-etilheksil)ftalato (DEHP), perfluoroktansulfonrūgšties (PFOS), tributilalavo katijono (TBT), policiklinių aromatinių angliavandenilių (PAA), nonilfenolių, oktilfenolių vandenyje, gyvsidabrio, bromintų difenileterių (BDE) biotoje AKS viršijimų. 2014-2020 m. duomenimis, monitoringo vietose pavojingų medžiagų koncentracijų AKS viršijimai vandenyje sudarė apie 20 proc. visų matavimų, tačiau biotoje net virš 60% visų tyrimų AKS viršijo gyvsidabris ir brominti difenileteriai https://aaa.lrv.lt/uploads/aaa/documents/files/Nemuno%20UBR%202023-02-14.pdf. Gyvsidabrio gyvuosiuose organizmuose duomenys parodo, kad didelės aplinkos kokybės standartus (toliau – AKS) viršijančios koncentracijos yra bendros vandens telkinio taršos pasekmė. Pvz., skaičiavimai rodo, kad nuo 1990 m. iki 2018 m. gyvsidabrio nusėdimas iš atmosferos į Baltijos jūrą sumažėjo apie 35%, o iš Lietuvos ir Latvijos, jo pateko mažiausiai – 0,1% (EMEP, 2020). Lietuvos valstybinio monitoringo 2010–2020 m. duomenys rodo, kad gyvsidabrio koncentracijos Baltijos jūros ir Kuršių marių vandenyje tik pavieniais atvejais viršijo AKS (0,07 µg/l), o pastaraisiais metais viršijimų net ir nebuvo nustatyta. Tačiau beveik visas Lietuvos jūros rajonas neatitinka geros cheminės būklės dėl AKS biotai (20 μg/kg drėgno svorio) viršijančių gyvsidabrio koncentracijų. Žuvys, kuriose nustatomi gyvsidabrio viršijimai, migruoja plačiau, nei tik Lietuvai priklausantis jūros rajonas, todėl atspindi istorinę, sukauptą visos Baltijos jūros taršą (https://aaa.lrv.lt/uploads/aaa/documents/files/Gyvsidabris.pdf). HELCOM vertinama Baltijos jūra taip pat nesiekia geros aplinkos būklės pagal gyvsidabrio koncentracijas biotoje (https://indicators.helcom.fi/indicator/mercury/). Tyrimų rezultatai rodo, kad per ilgus dešimtmečius Baltijos jūroje ir Kuršių mariose jau yra susikaupę (dugno nuosėdose ir vandenyje) dideli biogeninių junginių ir kitų teršiančių medžiagų kiekiai, kuriems sumažinti, netgi įgyvendinant įvairias aplinkosaugines priemones, reikia daugiau laiko dėl lėto ekosistemos atsako. Baltijos jūros vanduo atsinaujina vidutiniškai per 30 metų (HELCOM, 2010), todėl teršiančios medžiagos, patekusios į jūrinę aplinką, ilgą laiką joje cirkuliuoja ir pakartotinai dalyvauja biogeocheminiuose procesuose.